醫院由原廣東邊防龍華醫院組成，2004年龍華邊防醫院成立，2014年為提升醫療服務質量，在深圳衛計委牽頭下更名為深圳軍龍醫院。是深圳市社保局醫療、商業保險及工傷保險定點單位及全國愛嬰醫院。